Il s'est révélé comme un talent prodigieux à l'ère du hard bop des années 1950 et 1960, jouant avec les Jazz Messengers d'Art Blakey et sur des enregistrements marquants comme « Blue Train » de John Coltrane. En 1963, l'album solo de Lee Morgan, « The Sidewinder », sorti chez Blue Note, a fait de la composition du même nom un standard de jazz et un succès immédiat. Leader et sideman, il est devenu un pilier du label Blue Note jusqu'à sa mort prématurée en 1972, à l'âge de 34 ans. Les circonstances de sa mort ont fait l'objet du documentaire « I Called Him Morgan » de 2016.